Em meados dos anos 40, computadores não armazenavam instruções na memória, elas eram executadas a partir de cartões perfurados, painéis de comutação ou instruções fixadas pela organização de cabos e interruptores. Com a proposta de arquitetura de Von Neumann na metade da década, novas perspectivas de programação foram surgindo, permitindo conceitos como o de programa armazenado e a capacidade do computador executar instruções de software armazenadas na memória de acesso aleatório (RAM, do inglês random access memory).
Com a popularização dos computadores de programa armazenado, o Massachusetts Institute of Technology (MIT), a American Telephone and Telegraph (AT&T) Bell Labs e General Eletric (GE) se reuniram para desenvolver um sistema operacional experimental, o MULTiplexed Information and Computing Services (MULTICS), para rodar na máquina GE 645. Ele acabou não atraindo muitos consumidores, pela falta de recursos computacionais para atender ao que o software se propunha a fazer.
Um novo projeto de sistema operacional foi elaborado por Thompson, Ritchie, McIlroy e Ossanna, o unics, escrito em asm e que visava oferecer ao usuário uma interface de linha de comando. Em 1969, o unics virou UNIX, mudança que marcou um período de grande colaboração entre Thompson e Ritchie, sendo o início do seu desenvolvimento para o PDP-7.
A primeira versão do UNIX foi lançada em 1971, para a máquina PDP-11. Boa parte do UNIX foi reescrita em 1973, em C, pela possibilidade fornecida por ela para abstrações de alto nível em paralelo a operações em nível de bit, similar a um assembler; para além da portabilidade, que possibilitou o seu uso em outras máquinas.
A distribuição gratuita do UNIX começou nas universidades em 1975, junto à criação de ferramentas para o rápido desenvolvimento de softwares por terceiros. Apenas três anos depois, em 1978, começou a ser distribuído o UNIX System V, uma versão comercial, com suporte técnico e manutenção.
A partir dos anos 80, outros projetos envolvendo o UNIX começaram a ser lançados, em paralelo ao original e ao System V. Já no início da década, a Universidade da Califórnia lançou o Berkeley Software Distribution (BSD), com a inclusão dos protocolos TCP/IP. A Microsoft também entrou no mercado com a sua versão, o Xenix, assim como a Apple, com a A/UX e o macOS. Também foi lançado, em 1984, o X window system, um sistema de janelas, que juntamente ao gerenciador de janelas Tab Window Manager (twm), proporcionou uma melhor experiência gráfica ao usuário UNIX e outros sistemas operacionais baseados nele.
O que pode parecer um sucesso levou ao seu declínio nos anos 90, junto a outros fatores. O aumento da quantidade de sistemas UNIX-like levou à fragmentação do UNIX original e uma falta de padronização. As melhorias do BSD e o surgimento do Linux tornaram o projeto original uma opção menos atrativa, além da ascensão de sistemas proprietários, que dominaram o mercado de software. Esses novos SOs também contavam com suporte para as novas arquiteturas do mercado, como a x86, ao contrário do UNIX, que não conseguiu acompanhar a velocidade das mudanças do hardware.
Não se pode negar, porém, a sua contribuição para os sistemas operacionais modernos: trouxe o conceito de shell, não apenas como linha de comando, mas como uma linguagem própria; criou a separação entre o espaço do usuário e do kernel, os sistemas e gerenciamento de arquivos; conceitos de ciclo de processos, além do versionamento e documentação.
Raíz do sistema Unix é /. Neste diretório se encontra os principais diretórios do sistema:
Os arquivos do Unix nos anos 80 não possuíam extensão. Ou seja, todos os arquivos são diferenciados somente pelo seu nome e diretório onde se encontra. Apesar de existirem convenções, o comando file, responsável por identificar o tipo de arquivo, era executado reconhecendo características específicas no arquivo em questão, como #include em um arquivo de programa escrito em C ou uma sequência de binários em um arquivo binário. O que definia a "extensão" do arquivo era o programa que o executava funcionalmente.